沼氣發電

畜牧糞尿厭氧發酵會產生沼氣，其中60%以上是甲烷，屬溫室氣體之一種，依據IPCC2007年報告，其溫室效應造成全球暖化之潛勢為二氧化碳的25倍。

因此，沼氣的收集利用，不僅可減少溫室氣體的排放，經不同程度的純化、回收後，可用來發電、熱能及車用燃氣，是較為穩定之生質能源。

沼液沼渣農地肥分使用

畜牧糞尿經過厭氧消化後生成之水溶性物質為沼液，固體產物則為沼渣，沼液及沼渣中含有豐富的養分及肥分，有助於作物吸收、產量增加。

另外，調查顯示，養豬一年所獲得的氮肥相當於臺肥五號肥料一包，農民使用沼液沼渣可減少化學肥料的使用，推動有機農業，節省非常可觀的肥料開支。

農業事業廢棄物個案再利用

行政院農業委員會依據農業事業廢棄物再利用辦法， 推動畜牧業以桶裝或槽車清除畜牧糞尿到場外做後續處理，廢水還原農地，並於98~99年進行載運豬廢水施灌農作試驗，報告顯示對土壤、地下水及公共衛生均無負面影響，乃開放受理再利用案，達到節省灌溉水、補充氮肥及減碳效益。

放流水回收澆灌

全球水資源匱乏，廢污水回收利用已是世界潮流；受限於地理環境與氣候狀況，台灣名列全球第十八缺水國。

畜牧業因事業特性，常位處鄉下且與農業、漁業一同發展，由於畜牧糞尿本質為高有機及含氮物質，經處理後達放流水標準，可提供作物所需之水分、肥分，並減少地下水之抽取及農灌排水需求，創造畜牧業、農民與水體環境等多贏效益。